L'Alliance règne sur tous les aspects de la société. Le capitaine du Serenity, Malcolm Reynolds est un aventurier endurci. C'est alors qu'il croise la route de deux adolescents, Simon et sa soeur River. L'Alliance est à leurs trousses car la jeune fille détient un secret compromettant. L'équipage du Serenity n'a d'autre choix que tout mettre en oeuvre pour les protéger.